Большое внимание в муниципалитете уделяется охране и контролю за пользованием водными биоресурсами и оборотом продукции из рыбы и морепродуктов.
В сравнении с предыдущими периодами в Таганрогском заливе и Ейском лимане отмечается уменьшение браконьерской активности. Особую роль в этом сыграло увеличение в 2019 году такс для исчисления размера ущерба водным биологическим ресурсам.
За 9 месяцев текущего года контролирующими органами на территории Ейского района проведено 916 рейдовых мероприятий, в результате которых выявлено 189 нарушений природоохранного законодательства. Было изъято 930 кг рыбы, 40 км сетей, 20 орудий лова и 8 плавсредств.